Comme pour les autres espèces animales en sélection, la consanguinité des races caprines augmente régulièrement. « Il est important de suivre le niveau d’accroissement de la consanguinité car des croisements entre animaux avec des généalogies trop proches peut provoquer l’apparition de tares » explique Coralie Danchin-Burge, en charge du suivi de la variabilité génétique à l’Institut de l’élevage. Pour les espèces caprines, l’Institut de l’élevage a étudié les races alpine, saanen, poitevine et angora. L'étude complète "Bilan de variabilité génétique de 9 races de petits ruminants laitiers et à toison" est en ligne sur www.idele.fr.

La généalogie des animaux au contrôle laitier officiel et dont les deux parents sont renseignés est plutôt bien connue, avec un nombre d’équivalent génération de 5,2 pour les poitevines, 5,6 pour les angoras, 6,3 pour les saanen et 7,8 pour les alpines. Cela signifie qu’en prenant une alpine au hasard dans la population, on connaît en moyenne ses ascendants sur 7,8 générations. La généalogie des autres races caprines à petit effectif n’est pas assez renseignée pour réaliser une analyse fine de leur diversité.

« Il est normal que la consanguinité augmente car plus le temps passe mieux les généalogies sont connues, explique Coralie Danchin-Burge. On surveille surtout l’accroissement de cette consanguinité. Pour les races alpines et saanen, l’accroissement de la consanguinité actuelle reste raisonnable. En revanche, il y a bien eu un goulet d’étranglement pour les alpines avec quelques reproducteurs qui ont été surexploités dans les années 80 ». Le niveau d’accroissement de la consanguinité des deux principales races laitières caprine est ainsi inférieur à celui des bovins laitiers qui ont pâti de la surexploitation de quelques taureaux d’insémination, principalement dans les années 80 et 90.

En poitevine, certains éleveurs ont tendance à trop croiser des animaux apparentés, ce qui augmente le niveau de consanguinité de la race. La race angora souffre, elle, d’une base de sélection très étroite (1 200 animaux seulement) et du fait que le programme ait démarré avec peu d’animaux fondateurs. Il est important de garder de la variabilité génétique afin de sélectionner les animaux et réaliser le progrès génétique.

Pourtant, la large diffusion du progrès génétique induit inévitablement une baisse de la variabilité génétique. Pour sortir de cette impasse, les organismes de sélection cherchent à avoir un taux de consanguinité le plus faible possible des produits issus des accouplements programmés. En caprin, Capgenes utilise la méthode de la sélection à parenté minimale depuis 2004. Cette technique, développée par Jean- Jacques Colleau de l’Inra, a permis de réduire de moitié la consanguinité des boucs producteurs de semence tout en gardant le même progrès génétique. A l’avenir, la sélection génomique pourra, à condition d’être bien gérée, offrir un puissant levier pour concilier variabilité et progrès génétique.